У функционисању система заштите животне средине су изражени проблеми одговарајуће примјене расположивих управљачких инструмената и интегрисаности система по његовим елементима. Испитивања ревизије показала су да у систему заштите животне средине није осигурана свеобухватност укупног планирања а да у доношењу постојећих планских аката недостаје примјена хијерархије, редосљеда и интегрисаности.
